Bài toán lớn nhất thời Nguyễn Ánh – Tây Sơn chính là giao thông vận tải. Nước VN có hình dạng dài và hẹp, chủ yếu là các làng mạc dọc theo bờ biển, bị chia cắt mạnh bởi núi non và sông ngòi. Bài toán vận tải thực sự rất nan giải, trong điều kiện ngày xưa không thể xây dựng hệ thống cầu đường xuyên suốt, rộng khắp được. Cứ thử tưởng tượng vận chuyển những khẩu pháo 1, 2 tấn đi hàng ngàn km bằng đường bộ qua đồi núi xem, chuyện không thể làm được! Trong cuộc hành quân Kỷ Dậu – 1789, một giáo sĩ đã kể lại rằng quân Tây Sơn, sau 15 ngày đêm hành quân gần như liên tục, trông như một băng đảng rách rưới, ốm đói, bệnh tật! Nên việc vận tải trong chiến thắng Kỷ Dậu vẫn phải dựa phần lớn vào thuyền!

Trong nhiều thế kỷ, các triều đại VN đều dựa nhiều vào đường thủy, như hệ thống kênh Nhà Lê xây dựng suốt mấy trăm năm. Hay xa hơn, Hưng Đạo vương thắng được quân Nguyên cũng chỉ với cách di chuyển quân bằng thuyền, xích tới xích lui, loanh quanh trong phạm vi không quá lớn của châu thổ sông Hồng, nơi hệ thống sông ngòi rộng khắp khiến cho kỵ binh Nguyên Mông khó vượt qua và không phát huy được sức mạnh! Đến thời Nguyễn Huệ – Nguyễn Ánh, đất nước trãi dài ra như vậy, cả 2 bên đều hiểu rằng phải tổ chức phần lớn quân đội dạng… thủy quân lục chiến! John Barrow trong hồi ký của mình đã dùng chữ “Marine” (chứ không phải “Navy”) là rất đúng khi nói về Thủy quân của chúa Nguyễn..

Những điều này thì một vị vua tài ba như Quang Trung dĩ nhiên hiểu rõ, nhưng tiếc là ông ta… đoản mệnh, qua đời khi mới 40 tuổi, chưa kịp thực hiện các ý tưởng của mình! Mà các tướng lĩnh Tây Sơn không có ai hiểu rõ vai trò của thủy quân, không dự trù được các hình thức tác chiến dựa vào thuyền. Còn một vị vua như Nguyễn Ánh, tuy không tài giỏi bằng, tầm nhìn cũng hạn hẹp hơn, nhưng ông ta đủ thông minh để hiểu rõ cách thức tiến hành chiến tranh, và quan trọng là sống đủ lâu, đủ kiên trì để biến những hiểu biết đó thành chiến thắng! Tình hình phân tranh ở VN trong các thế kỷ 17, 18, 19 giống hệt như các sứ quân – Daimyo đánh nhau ở Nhật Bản, như mô tả trong tiểu thuyết Shogun (James Clavell) vậy.

Nhật cũng là một đất nước toàn đồi núi, việc chuyển quân phần lớn trên bộ, nhưng hậu cần là gần như dựa hoàn toàn vào vận tải biển! Điển hình như sau thủy chiến đầm Thị Nại, Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu rút quân về phía Bắc để hội quân với vua Quang Toản, nhưng phải đi bằng “thượng đạo – đường rừng” chứ không thể đi đường ven biển. Sau khi đã mất thủy quân, mất khả năng cơ động, thì nhà Tây Sơn liên tục rơi vào thế bị động, không có đường thủy thì không thể vận tải quân lính, súng đạn, lương thực thuận tiện được. Và chúa Nguyễn đã nắm thế chủ động khi có thể, chỉ trong vài ngày, đổ bộ quân bất kỳ đâu dọc theo bờ biển để ngăn chặn các tướng Tây Sơn! Sự việc sau đó diễn ra đúng như vậy!

Sau khi đi đường thượng đạo từ Quy Nhơn ra Quảng Nam thì 2 tướng Tây Sơn bị thủy quân nhà Nguyễn đổ bộ, chặn lại ở Hội An. Không còn súng đạn, lương thực, lại buộc phải rút lên theo đường rừng, sang đất Lào ra bắc, đến nơi thì không còn bao nhiêu người! Mất đi quân bài chiến lược, nhà Tây Sơn sụp đổ nhanh chóng trong 2 năm! Từ nhiều ghi chép trong lịch sử, có thể thấy rằng: các thuyền chèo tay – galley là một lực lượng đáng gờm nếu: #1. tập trung đủ số lượng, #2. có các pháo hạm (thuyền mành kiểu TQ hay pháo hạm kiểu Tây phương) hỗ trợ hỏa lực, và #3. tác chiến ven bờ, không đi ra vùng biển xa, và chiến thắng chẳng qua là dùng số lượng lớn, vận động linh hoạt trong không gian không quá rộng!

Lịch sử thời Nguyễn ghi lại nhiều lần thủy quân đã đánh thắng Hải tặc, thậm chí đã có lần hiếm hoi chiến thắng cả hải quân Tây phương, đó là khi có đủ 3 điều kiện này. Ngược lại, các thuyền chèo tay galley này sẽ là “miếng mồi ngon” cho các thuyền mành nếu ra vùng biển mở, có không gian rộng để vận động, vì thuyền mành có pháo lớn, tầm bắn xa hơn! Lịch sử nhà Nguyễn cũng ghi lại nhiều trường hợp, các đội thuyền galley thất bại trước các nhóm hải tặc Quảng Đông, do đi xa bờ và không có súng lớn hỗ trợ. Do đó, không nên ảo tưởng về khả năng tác chiến xa bờ của “Hải quân” Tây Sơn cũng như nhà Nguyễn! Thủy chiến đầm Thị Nại (1801) và cửa Tư Hiền (1802) là những ví dụ rõ ràng về tác chiến đổ bộ ven biển!

Sau khi Nguyễn Huệ qua đời, nhà Tây Sơn đã mắc phải sai lầm chiến lược, đặt phần lớn thủy binh ở đầm Thị Nại, không nắm bắt được sự phát triển vượt trội của thủy quân chúa Nguyễn, không có các hình thức tác chiến chủ động, còn sự hỗ trợ của cướp biển Quảng Đông thì chỉ chừng mực, suy cho cùng họ là lính đánh thuê chứ không phải quân triều đình! Các tay cướp biển Quảng Đông thừa hiểu rằng họ không thể địch lại “hạm đội” thuyền chèo đông đảo của chúa Nguyễn, nhất là khi phải tác chiến trong các vùng đầm phá ven bờ, dù đi xa bờ thì hạm đội của chúa Nguyễn không thể đối chọi lại cái “Liên đoàn cướp biển Quảng Đông” khá là lớn mạnh đó. Có quá nhiều bài báo, tài liệu giật tít rất kêu, “nổ” tận mây xanh!

Nào là người Việt chinh phục đại dương, tự đóng được tàu hơi nước, có nhiều pháo hạm 60 súng, và nhiều sự hoang đường, vĩ cuồng khác! Những tài liệu này đều có câu cú lủng củng, văn viết không thông, ngoại ngữ Anh, Pháp đọc không hiểu, sai vô số chỗ, nhưng vẫn nói như đúng rồi vậy! Tác chiến ven bờ hoàn toàn khác với hải quân “nước xanh” (blue water), loại sau đòi hỏi một trình độ kỹ thuật cao hơn hẳn! Còn cái đầu cơ bản chỉ là một hạm đội đông đảo thuyền chèo tay mà thôi, qua các tài liệu đương thời, có thể nhận định rằng người Việt lúc bấy giờ vẫn còn chưa nắm được hết các kỹ thuật điều khiển buồm, càng không nên nói đến một nền “công nghiệp quốc phòng” đủ khả năng đóng tàu to, súng lớn!